Binarni visokoškolski sustav u Republici Hrvatskoj ponovno je uspostavljen u Republici Hrvatskoj 1993. godine stupanjem na snagu Zakona o visokim učilištima. Ovaj sustav u visokom obrazovanju prepoznaje dvije vrste studija: stručne i sveučilišne.
Prve „nove“ visoke škole i veleučilišta osnovane su u Hrvatskoj tijekom 1996. i 1997. godine, od čega neke slijednice bivših samostalnih viših škola koje su ukinute reformom obrazovanja 1980-tih godina i pripojene sveučilištima, a neke kao potpuno nova visoka učilišta.
Vijeće veleučilišta i visokih škola osnovano je 2002. godine kao Zajednica visokih škola, s osnovnim ciljem promicanja zajedničkih interesa visokih škola koje izvode stručne studije, njihovog uklapanja u trendove i standarde razvoja sličnih studija u Europi, uz osiguravanje mogućnosti uzajamne mobilnosti studenata i međusobnog priznavanja stručnog statusa. Sjedište Zajednice bilo je u Visokoj zdravstvenoj školi u Zagrebu (danas Zdravstveno veleučilište Zagreb), a činilo ju je ukupno deset visokih škola.
Donošenjem Zakona o znanstvenoj djelatnosti i visokom obrazovanju 2003. godine, Zajednica mijenja ime u današnje Vijeće veleučilišta i visokih škola Republike Hrvatske.
Dugoročni ciljevi Vijeća utvrđeni su 2003. godine: usklađivanje stručnih studija u Hrvatskoj s trendovima i standardima u europskim zemljama, usklađivanje nastavnih programa i upisne politike s potrebama gospodarstva radi primjerenosti vrste i sadržaja stručnog obrazovanja i potrebama tržišta rada, ujednačavanje standarda kvalitete nastave te promicanje suradnje sa srodnim studijima u Hrvatskoj i inozemstvu.
Vijeće veleučilišta i visokih škola od 2006. godine je član EURASHE, Europskog udruženja institucija u visokom obrazovanju (European Association of Institutions in Higher Education).
Dužnost predsjednika Vijeća do sada su obnašali:
- 2003. – 2007. prof. dr. sc. Mladen Havelka, dekan Zdravstvenog veleučilišta u Zagrebu
- 2007. – 2010. prof. dr. sc. Marko Jelić, dekan Veleučilišta “Marko Marulić” u Kninu
- 2011. – 2015. prof. dr. sc. Slavica Ćosović Bajić, dekanica Tehničkog veleučilišta u Zagrebu
- 2015. – 2019. prof. dr. sc. Vlatko Cvrtila, dekan Veleučilišta VERN’ u Zagrebu
Dužnost predsjednika Vijeća od 2019. godine obnaša doc. dr. sc. Damir Jugo, dekan Edward Bernays Visoke škole.